Флаг Пограничных войск России был утвержден в 1999 году соответствующим приказом ФПС России. Эмблема Пограничных войск и других органов пограничной службы РФ – это золотой орел с распростертыми крыльями, увенчанный короной, в левой лапе которого изображена держава, в правой – скипетр. Позади орла перекрещены два меча, на его груди – красный щит с изображением поражающего дракона копьеносца на коне. На флаге Пограничных войск собраны основные государственные символы страны, безопасность которой призваны защищать погранвойска. Флаг выполнен изполиэфирного шелка, устойчив к воздействию уф-лучей и ветра. Размер флага 70х105 см.